Аниме Аниматрица, выпущенное в 2003 году, представляет собой сборник завершающих рассказов о мире Матрицы. В начале один за другим разворачиваются истории, где люди сталкиваются с угрозой машин и осознают границы свободы. В «Финальном полете Осириса» команда исследовательского корабля обнаруживает вражеские силы; пока один член проникает в Матрицу, чтобы предупредить людей, другие сражаются с охраняющими роботами, чтобы дать ему время воплотить спасение в действие. Во второй части истории исследуются корни конфликта между человеком и машиной. Люди стремились создать совершенный искусственный интеллект, но трения между биомассой и программами перерастают в войну. Роботы восстают и создают собственное государство, используя климатическое оружие, чтобы лишить аппаратов питания. Однако источники энергии оказываются у роботов и людей, что приводит к трагическим последствиям и превращению людей в «живые батарейки», застрявшие на границе Матрицы. В «Детской истории» подросток просыпается после необычного сна и осознаёт, что окружающий мир — продукт Матрицы, а настоящая реальность та, что он видел во сне. За ним начинается погоня людей в одинаковых костюмах, и он пытается вырваться из ловушки с помощью мистического фигурального героя. «Программа» разворачивается в симуляции, которую создают для главной героини Сис, погружая её в стилизованное средневековое японское оформление и жестокие схватки, где реальность переплетается с кодом. В «Мировом рекорде» спортсмен достигает предела возможностей: во время важной гонки он перегружается, получает травму, но продолжает бежать, что создаёт риск его пробуждения в реальном мире. Агенты, вселившиеся в других соперников, преследуют его, но он в итоге приходит к финалу в Матрице, едва избежав гибели в мире за стенами кода. Судьба героя остаётся неопределённой, он мечтает о свободе и попытках ходьбы в реальном мире. «За пределами» рассказывает о девушке, которая ищет пропавшую кошку и наталкивается на странный дом, где гравитации как будто не существует и происходят иные странности. Матрица замечает «ошибку рендеринга» в старой локации, и отряд зачистки направляется устранить явление. Детективная история начинается на поезде: Эш, частный сыщик в духе нуар, преследует таинственную хакершу Тринити. По мере разворачивания сюжета он всё ближе подходит к тайнам Матрицы, а агенты пытаются перехватить Тринити через него. В кульминации Эш оказывается на грани превращения в одного из агентов, а Тринити исчезает через разбитое окно, оставляя героя перед выбором. В финале герой и героиня делают шаг навстречу друг другу, а сцены возвращаются к началу истории — и Эш, наконец, решивший встать на путь свободного сопротивления, поворачивает оружие против агентов. В заключительной ленте «Посвящённый» действие переносится в далёкое будущее, где разгорается война между человечеством и машинами. Главный герой — робот-«Раннер», один из первых созданных роботов, подключённых к Матрице, чья история раскрывает первый контакт машин с виртуальной реальностью и показывает личность, которая может повлиять на исход конфликта.